Sistem pengendalian air dari Pintu Manggarai hingga ke laut Jawa dilakukan secara bertahap. Hal ini untuk mengurangi dampak banjir yang mungkin menggenang sepanjang aliran Kali Ciliwung dan Kanal Banjir Barat (KBB)

Kepala Bidang Aliran Sungai dan Pantai Sistem Aliran Tengah Dinas Tata Air DKI Jakarta, Robert Rajaguguk mengatakan, ‎aliran air dari Pintu Air Manggarai dipecah menjadi ke tiga kali yaitu KBB‎, Kali Gresik dan Kali Ciliwung menuju arah Gunung Sahari.

‎

"Aliran ke Kali Ciliwung akan dipecah di Masjid Istiqlal, ke barat menuju Jalan Gajah Mada, sampai pintu air tangki dan masuk ke waduk pluit," ujarnya, Selasa (1/3).

Sedangkan untuk aliran timur masuk ke Kali Ciliwung di Gunung Sahari hingga Pintu Air Marina. Di lokasi ini, pintu air akan dibuka jika laut sedang surut dan tetap ditutup saat saat pasang.

‎

"Kita atur di pintu air Istiqlal, jadi dialirkan ke arah barat menuju aliran Gajah M ada," tandasnya.

‎

‎Menurutnya penerapan ini berjalan baik saat aliran air cukup tinggi dari pintu air Manggarai. Namun mengingat aliran air dari kali Angke yang masuk ke KBB cukup tinggi, Pintu Air Manggarai sengaja dibuka 100 sentimeter agar laju air tidak terlalu tinggi.